Kontrola skarbowa to jedno z największych źródeł stresu dla przedsiębiorców. W 2025 roku wzrosła liczba kontroli ukierunkowanych na konkretne obszary – zwłaszcza VAT, koszty uzyskania przychodu i prawidłowe rozliczenia ZUS. Rozwój cyfrowych narzędzi po stronie administracji skarbowej, takich jak JPK czy przygotowania do pełnego wdrożenia KSeF, sprawił, że urzędy skarbowe szybciej wychwytują nieprawidłowości. Odpowiednie przygotowanie firmy minimalizuje ryzyko sankcji i pozwala przejść kontrolę sprawnie i bez konsekwencji finansowych.

Kontrole najczęściej przeprowadzane są, gdy:

• występują duże różnice w deklaracjach VAT,
• firma często składa korekty,
• w dokumentacji pojawiają się wydatki budzące wątpliwości (np. wysokie koszty reprezentacji),
• przedsiębiorca korzysta z ulg podatkowych, które wymagają dodatkowego udokumentowania,
• urząd otrzymuje sygnały od kontrahentów lub innych instytucji.

W przypadku kontroli skarbowej przedsiębiorca powinien mieć przygotowane: ewidencję VAT i pliki JPK, księgę przychodów i rozchodów lub pełną księgowość, umowy z kontrahentami i pracownikami, dowody poniesionych kosztów (faktury, paragony, potwierdzenia przelewów), dokumenty związane z ulgami podatkowymi, np. ewidencja B+R czy IP Box.

• VAT – weryfikacja odliczeń, stosowania właściwych stawek i transakcji z kontrahentami zagranicznymi,
• koszty uzyskania przychodu – sprawdzanie, czy wydatki rzeczywiście są związane z działalnością,
• składki ZUS – szczególnie przy różnych formach zatrudnienia,
• ulgi podatkowe – B+R, IP Box, robotyzacja – wymagają szczegółowej dokumentacji,
• transakcje zagraniczne – m.in. weryfikacja podatku u źródła (WHT).

• urząd skarbowy wysyła zawiadomienie o kontroli,
• kontrolerzy mają prawo zażądać dokumentów i wglądu w systemy księgowe,
• przedsiębiorca lub księgowy może uczestniczyć w czynnościach i odpowiadać na pytania,
• po zakończeniu kontroli sporządzany jest protokół, w którym mogą znaleźć się zalecenia lub sankcje.

1. Zadbaj o porządek w dokumentach i ich bieżącą archiwizację.
2. Sprawdź, czy wszystkie koszty są prawidłowo udokumentowane.
3. Upewnij się, że faktury są zgodne z wymogami prawa i od 2026 roku przygotowane do KSeF.
4. Zweryfikuj poprawność plików JPK.
5. Przeanalizuj, czy ulgi podatkowe mają odpowiednią dokumentację.
6. Skonsultuj się z księgowym, aby wykryć i naprawić potencjalne błędy przed kontrolą.

• brak pełnej dokumentacji kosztów,
• niespójne dane w deklaracjach i ewidencjach,
• nieznajomość przepisów dotyczących ulg podatkowych,
• próba tłumaczenia błędów brakiem wiedzy – urząd nie traktuje tego jako usprawiedliwienia.

• Firma handlowa – odliczała 100% VAT od samochodów osobowych używanych także prywatnie. Kontrola zakwestionowała odliczenia i nałożyła obowiązek korekty oraz odsetki.
• Software house – korzystał z IP Box, ale nie prowadził odrębnej ewidencji projektów. W wyniku kontroli przedsiębiorca utracił prawo do preferencji podatkowej.
• Mała firma usługowa – przechowywała faktury tylko w formie papierowej, część zaginęła. Urząd skarbowy nie uznał kosztów, co zwiększyło podstawę opodatkowania.

Księgowy nie tylko prowadzi bieżącą ewidencję, ale także monitoruje zmiany w przepisach i weryfikuje zgodność dokumentacji z wymaganiami. W praktyce to księgowy reprezentuje firmę podczas kontroli, odpowiada na pytania urzędników i pomaga wyjaśniać wątpliwości. Cyfrowi Księgowi wspierają swoich klientów w całym procesie – od przygotowania dokumentacji, przez udział w kontroli, aż po ewentualne korekty i wyjaśnienia.

Jak długo urząd może kontrolować firmę?
Czas trwania kontroli zależy od wielkości firmy i skali działalności, ale zwykle trwa od kilku dni do kilku tygodni.

Czy urząd może wejść bez zapowiedzi?
Tak, w przypadku podejrzenia poważnych nieprawidłowości lub przestępstwa urząd może przeprowadzić kontrolę bez wcześniejszego zawiadomienia.

Czy muszę być obecny podczas kontroli?
Nie, przedsiębiorcę może reprezentować pełnomocnik lub księgowy.

Czy urząd może zakwestionować wszystkie koszty?
Nie, urząd weryfikuje tylko te wydatki, które budzą wątpliwości lub nie mają wystarczającego udokumentowania.

Kontrola skarbowa w 2025 roku to proces, który można przejść spokojnie, jeśli firma jest przygotowana. Kluczowe znaczenie mają porządek w dokumentacji, prawidłowe rozliczanie kosztów i VAT oraz odpowiednia archiwizacja. Wsparcie doświadczonego księgowego daje przedsiębiorcy pewność, że nawet w przypadku kontroli jego interesy są dobrze zabezpieczone.